
拜谱生物正式推出基于化学蛋白质组学的衣康过酸呈现球蛋白组学产品,实现1000+什么难以理解的度遮盖位点检测出,安全初现经典之作靶点,全方向生信数据分析解析靶点蛋白功能信息,发现新靶点,并提供从“找到”到“查验”全流程步骤服务性,为深度理解衣康酸及其衍生物在不同疾病研究中的作用机制提供重要依据。
PART 1
01、实验操作注意事项
02、测量参数
03、经“点”逆转
在评测资料中,检测出好几个论文参考文献中新闻稿件的精品靶点还是衣康酸呈现位点,如首位个被找到的衣康酸共价呈现蛋清KEAP1,还是糖酵解环路中的3个关健酶如LDHA、GAPDH、ALDOA,与炎性小体组合蛋清NLRP3和组织细胞萎缩进程中的关健蛋清RIPK3等,其质谱图以下的图一样。
04、车辆共同点
1.各种方面质控
房地产业化活性聊天查测器孵育、SDS-PAGE查测、WB证实、样板重要性性浅析等多方面位查测,保证项目流程然而耐用性。2.高使用性能质谱测量仪器app
在Orbitrap Astral全新新一批高分别质谱仪加持咒下,保持衣康硝化作用修饰语位点及核蛋白司法鉴定新深度1,助力器完美探究新知道。3.全流程步骤一坐式服务培训
由于拜谱生物技术建立完善的检查的平台,可打造“细胞膜的培养→电极孵育→WB检查→什么难以理解的度衣康硝化作用修饰语检查→专属密码生信进行分析→某个位点PRM确认”全流程步骤贴心服务,省时省时更又省心。05、数据分析主要内容(这部分)
06、用途领域
PART 2、论文参考文献说说
期刊论文一
英文翻译主题词:Chemoproteomic profiling of itaconation by bioorthogonal probes in inflammatory macrophages(Journal of the American Chemical Society,Q1,2020)
英文版大标题:炎症巨噬细胞中生物正交探针的化学蛋白质组学分析
实验內容:本研究首次报道了基于衣康酸类似物OI,设计合成了适用于活细胞标记的衣康酸生物正交探针(ITALK),并实现了对炎症巨噬细胞中衣康酸修饰位点的直接鉴定。共鉴定出862个衣康酸化蛋白、1131个半胱氨酸位点,且存在18个赖氨酸和8个组氨酸的衣康酸修饰。这些修饰底物中包括了许多参与到炎症免疫响应和宿主防御相关调节通路中的关键蛋白,例如炎性小体、信号转导、转录和细胞死亡相关蛋白,暗示衣康酸可通过调节多种通路来影响巨噬细胞功能。作者们选取了几个新发现的修饰蛋白BRI3B、WIPI3和RIPK3并通过点突变实验对其修饰位点进行了验证。本研究为理解衣康酸在巨噬细胞炎症反应中的作用机制提供了丰富的数据支持。
(图源:Qin, Wei et al.,J Am Chem Soc. 2020)
文献综述二
英文字母名称:4-Octyl itaconate restricts STING activation by blocking its palmitoylation(Cell Reports,Q1,2023)
中文字幕版头:4-辛基衣康酸通过阻断STING蛋白棕榈酰化来抑制其活性
学习信息:cGAS-STING轴在防御外来病原体和维持免疫稳态中起着至关重要的作用。虽然在了解巨噬细胞活化过程中发生的代谢变化方面已经取得了实质性的进展,但对这些代谢变化如何影响cGAS-STING轴却知之甚少。在这项研究中,作者确定衣康酸的衍生物4-辛基衣康酸(4-OI)抑制cGAS-STING的激活。此外,作者发现4-OI抑制cGAS-STING相关的抗病毒免疫反应和自身免疫性炎症。然而,作者发现内源性衣康酸不影响cGAS-STING激活,表明4-OI和衣康酸的功能不同。从机理上讲,研究发现4-OI直接烷基化STING上的Cys91,阻断STING棕榈酰化和寡聚化。4-OI对STING的烷基化代表了STING的另一种翻译后修饰(PTMs)。该研究的发现揭示了cGAS-STING功能通过4-OI烷基化进行调节的机制,并为不同类型PTMs之间的串扰提供了见解。
(图源:Su, Chaofei et al.,Cell Rep. 2023)
PART 3、案例库双重性思绪
蛋白质的S-脂酰化(S-acylation)是指脂肪酸与半胱氨酸的巯基通过硫酯键相连。最典型的是棕榈酸,即S-棕榈酰化。催化这一反应的酶属于蛋白质酰基转移酶(protein acyltransferase,PAT)家族,含有DHHC(Asp-His-His-Cys)序列,所以称为DHHC-PAT。由于DHHC基序形成锌指结构域,因此编码这些酶的基因称为含锌指DHHC(zDHHC)。现已发现24种人类zDHHC基因,命名为zDHHC1- 24(无zDHHC10,有zDHHC11B)。这些zDHHC之间的底物亲和力和催化活性差异很大,其中zDHHC17和zDHHC13体现了很强的底物结合在一起实力,而zDHHC3和zDHHC7具有高效的S-酰化作用。
S-棕榈酰化通过两步机制进行(如下图)。第一步是DHHC基序中的半胱氨酸残基被来自棕榈酰-CoA的棕榈酸酰化,形成酰基酶中间体,这一步通常称为自棕榈酰化。第二步是将棕榈酰基部分转移到蛋白质底物中的半胱氨酸巯基上。
(图源:Anderson, Alison M et al.,NPJ Breast Cancer. 2016)
值得一提的是,在拜谱生物学衣康碱化体现组评测参数中,发现zDHHC13有3个半胱氨酸残基被衣康碱化绘制(正确图)。不妨设想,zDHHC13的半胱氨酸残基被衣康酸烷基化,影响其自棕榈酰化,进一步影响其靶蛋白的棕榈酰化,进而影响相应的生物学功能,为相关机制机理研究提供新思路。
PART 4、拜谱工作小结
充当TCA循环系统中的区间内分解分泌物,衣康酸调试分解分泌、天然免役抗体和支原体感染区间内的完美意义,为治愈天然免役抗体支原体感染性常见妇科疾病带来了了了充当治愈攻略。衣康酸机构中的亲电性α,β-不过剩羧酸机构能对血清质上的亲水性半胱氨酸残基实现烷基化遮盖(迈克尔暴伤现象),此翻譯后遮盖被分为“衣康酸遮盖(itaconation)”,因此反应血清质性能,干预天然免役抗体初次应答和分解分泌途经,为许多常见妇科疾病抗癫痫药物创新带来了了新难点。拜谱生物作为国内领先的多组学公司,全新推出基于化学蛋白质组学的衣康过酸表达核蛋白组学产品,在全流程高精密仪器和高特异性生物正交探针加持下,可实现高精度、高深度的一站式衣康酸化修饰组检测。另外,可搭配拜谱生物临床医学绝对化一定量靶点排泄组(QMT1000)或体力消化吸收靶向治疗消化吸收组物料对衣康酸及其类似物进行靶向绝对定量检测。多组学强强联手,有助于深入理解衣康酸化修饰的功能及其调控机制,为疾病机制机理研究提供科学依据,从而在指导靶向药物设计、疾病治疗等方面创造无限可能。欢迎咨询!
可以参考期刊论文
1. Qin W,Zhang Y,Tang H, et al. Chemoproteomic Profiling of Itaconation by Bioorthogonal Probes in Inflammatory Macrophages. J Am Chem Soc. 2020;142 (25):10894-10898. 2. Su C,Cheng T,Huang J, et al. 4-Octyl itaconate restricts STING activation by blocking its palmitoylation. Cell Rep. 2023;42 (9):113040. 3. Anderson AM,Ragan MA. Palmitoylation: a protein S -acylation with implications for breast cancer. NPJ Breast Cancer. 2016;2:16028.