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网络药理学揭示草酸钙肾结石氧化应激和炎症损伤机制

发布时间:2024-08-02
草酸钙(CaOx)肾结石是泌尿平台里最常见的慢性病组成。肾团队中CaOx结晶体过达到饱和状态导致会影响肾小管人体细胞破损和凋亡,因而影响肾结石的导致。短链人体人体脂肪酸由胃肠胃内活性污泥法有害菌发孝合理膳食黏胶纤维引起,不只是在边缘胃肠胃障壁中激发反应,有时在平台程度上也激发要素反应。在当中,丁酸是最多的短链人体人体脂肪酸,有着抗感染和免疫细胞促使反应,本研究分析一起探讨丁酸对CaOx肾结石的反应下列关于潜在性靶点。

围绕草酸钙肾结石相关机制研究,华山医院门诊泌尿产科吴忠专家教授、周子健博土于今年5月在Chem Biol Interact发表了相关成果,7月4日该团队又有一篇新作发表。吴忠客座教授、周子健博后在Food and Chemical Toxicology(IF=4.3)上发表题为“Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9”的研究文章。研究人员发现丁酸在体外和体内均能抑制CaOx肾结石模型的氧化应激和炎症损伤,并利用网络药理学预测发现CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的靶基因,最后通过细胞实验证实CYP2C9在草酸诱导的HK-2细胞损伤模型中的作用。拜谱生物制品与吴忠教授、周子健博士团队再次合作,提供了网络信息药学学服务的,助力预测CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的潜在靶点,为丁酸预防CaOx肾结石产生的临床应用奠定理论基础。

文章内容各称:Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9(Food Chem Toxicol.,IF=4.3,2023.07) 老客户工作单位:华山的医院 分析文本:大鼠、HK-2受损细胞 组群讯息:对应组(Con)、整治组(Model)和丁酸钠组(NaB) 拜谱展示 技术应用:网路药剂学学论文检测

思维步骤流程图模板

探究可是

分析师应先打造大鼠绘图,使用女性生理生物化的指标和进行方面的问题学复染等分析措施察觉丁酸都可以降低CaOx绘图大鼠肾CaOx单晶体的达成和直接软组织挫伤,可以改善CaOx绘图大鼠的慢性炎症直接软组织挫伤和脱色有机物的过头表述。除此以外,丁酸还有抑制性草酸介导的HK-2细胞系核直接软组织挫伤、脱色应激状态和细胞系核凋亡。 为探求丁酸空间结构类型和靶染色体组遗传网路,实验技术人员从PubChem提高丁酸和丁酸酯的二维和三维空间空间结构类型(图1A)。用PharmMapper的比对库和Uniprot的比对库处理后共挑选出1115个丁酸靶染色体组遗传供进十步讲解一下。将染色体组遗传表单倒入STRING的比对库,使用PPI网路讲解一下。Cytoscape提供了排列的前20的核心靶染色体组遗传的详细完整网路图,收录CYP2C9、CASP3、MAPK14、ALB、HRAS、ABL、RARA、RARG、RXRB、PRKACA、NOS3、SRC、MMP9、KDR、HSP90AA1、HPGDS、GSTA3、GSTA1、GSR和GSTM2(图1B)。许多核心染色体组遗传与网路中的任何染色体组遗传均表达出一定的的涉及联性,代表许多染色体组遗传概率性引领着推进效应。GO和KEGG讲解一下揭露了丁酸核心染色体组遗传的涉及联经由和菌物学模块(图1C)。核心染色体组遗传注意与类固醇抗生素回复、脱色的应激的反应状态回复、可溶性氧細胞对类固醇抗生素有趣的发应以其对含酸性化学工业物的发应关与。综上上述一系列的上述一系列的,许多核心染色体组遗传注意参于了脱色的应激的反应状态和对可溶性氧的菌物发应过程中,是肾结石养成措施中关键性的经由,这揭示丁酸概率性在肾结石中引领必要性效应。

图1| 丁酸型式与靶什么是基因手机网络介绍(图源:Zijian Zhou., et al., Food Chem Toxicol.

为进那步宇宙探索丁酸对CaOx肾结石不容置疑切靶染色体,的探索专业人工控制使用GEO参数报告库对GSE73680中卫生对比与CaOx肾结石求美者的染色体不同之处参与了的探索。对比组与CaOx结石求美者的重要性不同之处呈现染色体(DEGs)检查原则为P < 0.05、|log2(FC)| > 1。共淘汰到3783个染色体会出现重要转化,这里面3379个(89.4%)染色体呈现调整,404个(10.6%)染色体呈现上涨(图2A)。对DEGs参与聚类分析算法了解,热图彰显了前10个被选中DEGs的二维逐层聚类分析算法共同点(图2B)。随后不久,的探索专业人工控制用GeneCards参数报告库人工控制鉴定结论了370个几率与CaOx肾结石各种相应的的染色体,斩获前20位的预侧染色体名词解释各种相应的性评定如同2C所显示。因为寻找到丁酸中药治疗CaOx肾结石的重要性靶点,的探索专业人工控制将PharmMapper中的丁酸靶点、GEO中的DEGs和GeneCards中的CaOx肾结石各种相应的染色体除理实现了一大个Venn图。不可能,CYP2C9被制定为丁酸影响力CaOx肾结石的自身靶点(图2D)。还有就是,的探索专业人工控制还参与了丁酸与CYP2C9的分子式项目对接,CYP2C9的3个安基酸残基ASN-474、LYS-48和GLY-46与丁酸间接效应,氢键能为4.2 kcal/mol(图2E)。 在回收利用数据网络临床药理学预測CYP2C9是丁酸影响力CaOx肾结石的靶DNA后,钻研的人员还顺利通过体细胞膜实验操作可确认了CYP2C9可大幅度降低草酸介导的HK-2体细胞膜的ROS标准、细菌感染受伤和凋亡。

图2| 绝对多数据库联办解析预计CYP2C9是丁酸效果于CaOx肾结石的靶人类基因

探讨结杲

本科学实验先出现丁酸在身体和人体内均能减弱CaOx肾结石型号的腐蚀应激反应性和慢性宫颈细菌感染问题,然后采用数据网药学学建立获取丁酸影晌CaOx肾结石的意向靶点——CYP2C9,最后一步采用癌组织科学实验得知CYP2C9在草酸盐引导的HK-2癌组织ROS科技性水平、慢性宫颈细菌感染问题和凋亡。以上出现揭示丁酸概率采用减弱CYP2C9来减弱CaOx肾结石的腐蚀应激反应性,可减轻慢性宫颈细菌感染问题。这类的过程 中拜谱动物能提供了数据网药学学科技性售后服务质量,再者拜谱动物可提生发育成熟逐步完善的基因组组学、血清质组学、细胞代谢组学等两组学新产品及科技性售后服务质量,祝贺打电话在线咨询! 参照文献资料:Zhou Z, Zhou X, Zhang Y, Yang Y, Wang L, Wu Z. Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9. Food Chem Toxicol. 2023 Aug. doi: 10.1016/j.fct.2023.113925.
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