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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已呈现出很广的动物活性酶，具有抗肿癌和抗虫毒功效。普通，三萜是进行甲羟戊酸经过人工的，并从当然植被和细菌中提现。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上发表文了题写“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的探究文。该探究出现三萜类有机物虫草酸（GA）是实现粘液激发的无柄虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的动物转成诞生了的。依据转录组和蛋清质组学技巧进每一步探秘无柄虫草菌丝体中DHT诞生了有两种虫草酸（GA）的机制化，并不同多个学技巧在线检测到的不同之处遗传基因和不同之处蛋清，推断出DHT 动物制成 GA 的有效途径。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录类物质析和功能模块分类别

按照对无柄虫草白色念珠菌菌丝体实施转录组测序共赢得67230个转录本和14296个单dna组组。在这种单dna组组中，49多个被鉴定结论为相互影响抒发dna组组（DEGs），中仅213个抒发上浮，279个抒发变动（图1A）。GO丰度浅析后，DEGs分为生物技术流程（BP）、肿瘤血细胞基本成分（CC）和氧分子系统（MF）3类。在BP类型中，展现了前三种子类型：消炎药降解消化吸收流程，冰醋酸盐消化吸收流程和甲酸盐消化吸收流程;而在CC类型中，肿瘤血细胞外区、突触塑料体、突触形式是前三种亚类。我们对MF类型，甲酸脱氢酶（NAD）特异性、腐蚀恢复原酶特异性和酸氨（或酰胺）无线连接酶特异性是前三种亚类型（图1B）。在DEGs的KEGG径路浅析中，前30条丰度度最快的径路有27条一种消化吸收，中仅二氧化氮消化吸收、乙醛酸盐和二羧酸盐消化吸收、丙酸盐消化吸收数据信息径路有明显丰度（图1D）。

图1|转录成分析和性能总类

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

做好对无柄灵芝粉细菌菌丝体做好蛋清质组学浅析，共分明确了16,457种特别肽、2606种蛋清质和2588种按量蛋清质。在阀值|FC|>1.2和p<0.05的需求條件下，你在2606种蛋清质中，94种被判定为对比讲解抒发蛋清（DEPs），各举52种上浮，42种再降（图2A），图2C展示了对比讲解抒发蛋清的聚类讲解法浅析热图。从GO浅析方面看，BP行业类别展示，大多都数DEPs直接参与乙酸盐分泌步骤、消炎药拆分分泌步骤和治疗药物拆分分泌步骤。CC类DEPs在肿瘤上皮内部外区、过空气氮化合物酶体和微体中基数极限，空气氧化反应恢复酶活力和甲酸脱氢酶（NAD）活力在MF类中DEPs的基数极限（图2B）。与转录组后果相类似，KEGG环路浅析展示，有很多DEPs在分泌中丰度，各举3条最丰度的路经是光合怪物中的碳加固、碳分泌和MAPK电磁波环路（图2D）。不仅，做好浅析GO数据信息库的CC对DEPs做好亚肿瘤上皮内部品牌定位浅析和参考文献标注（图2E），DEPs注意分布图在肿瘤上皮内部质（40.66%）、肿瘤上皮内部膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），基本原理上是GAs怪物人工的注意地点。

图2|营养物质质组的降钙素原检测讲解和实用功能查证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

维持生计物变为和参考组侯选人DEGs和DEPs制作而成了维恩图，有20个距离表现dna（图3A）。对转录组和脂肪酸质组中E组和C组共分的DEGs/DEPs开始聚类进行阐述法进行阐述，找到mRNA和脂肪酸质范围内有15-7个上浮dna和5-7个调低dna，DEGs和她的当地翻译的DEPs表现技术呈正有关，系统设计Pearson的有关数值进行阐述，在转录组和脂肪酸质组范围内监测到对较高的有关性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）的检测数据表现，E组和C组115个DEGs的表述质量文化差异差异性，在当中9个为上涨DEGs，两个为下跌DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的表述变化趋势与转录多组分析数据同步。

图3|核胆固醇组的参考值阐述和功能性核验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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