代谢组学技术在中药研究中的应用主要体现在以下几个方面：
1. 中药成分分析与质量控制
成份签定费：分泌组学枝术可能对中西药中的无机有机化学精份完成局面浅析，签定费出药村中的灵活性酶成份。这类，利用为质谱（MS）的分泌组学枝术，就是可以签定费出冬虫夏草中的冬虫夏草皂苷等灵活性酶成份。本身枝术还就是可以差别入药和非入药环节的无机有机化学标注物，为中西药的安全性能调控供应遵循原则。
安全性能把握：采用消化吸收组学能力，是应该对中草药的安全性能做出评价和把握。举例说明，能够 观赏观赏植物消化吸收组学进行分析，是应该的开发针对于类痛风性环节炎的中草药部分的安全性能标示的按量方式方法。前者，消化吸收组学还是应该掌握中草药中的渗透性部分下列不属于渗透性体制，如采用UPLC-Q-TOF-MS探索，分辩有所差异乌头观赏观赏植物的催化部分，并掌握享有镇痛药亲水性和亚急性渗透性的动物碱。
2. 中药药效机制研究
使用靶点快速精确：基础代谢组学水平就可以帮快速精确中医催化活性化学物质的分子结构靶点。列举，探索出现雷公藤红素可在上下调整Treg/TH1和Treg/Th17动平衡、中医NF-κB环路等工作机制发挥出来消除炎症使用。
功效制度阐明：分解组学技术应用还需要表明中医成药治疗重大疾病的功效制度。假如，设计看见青蒿素耐药性与疟原虫的线粒体分解变换关干，非靶向药物分解组学表明了与该阶段有关的的分解物不同。不仅如此，分解组学还需要完成分折分解物的不同，设计中医复方的功效制度。
3. 中药安全性评价
渗透性措施调查：基础消化吸收率组学技木行适用调查中西药的渗透性措施。比如说，能够基础消化吸收率组学和16S rDNA测序的资源优化配置深入分析，反映了清益汤对病情比较重的时候急慢性胰腺炎相应急慢性肺直接损伤的保护英文措施，并确定好了铁沉着冷静、对比分析基础消化吸收率物和微动物菌群之中的的联系。
防护卫生性估评：分解组学枝术还能能采用成药茶的防护卫生性估评，分辨存在的毒副作用部分和毒副作用靶点，故而为成药茶的防护卫生食用展示实验按照。
4. 中医证候研究
证候相应的产生物学分析一下：产生组学枝术也可以用来分析方法与老中医针灸证候相应的的内源性产生物学变幻，引导老中医针灸证候的检测和认知。列如 ，依据产生组学的研究，已在冠烦扰之处客户中鉴定费出与痰瘀证随和阴两虚证相应的的生物学标识物。
证候调查钻研：排泄组学水平还应该选用作钻研中药方对中医理论证候的调查目的。这类，在排泄组学水平及聚类研究研究法，察觉到“黄芪-茯苓-泽泻”等联系药品选装适选用作肾病综和征的新组方药品，可以对种肾病综和征相关联的微生物logo物存在直接影响。
5. 多组学技术整合应用
两组学转型：代谢率组学与其余组学技木（如染色体组学、转录组学、核膳食纤维组学等）的转型广泛软件，为中要论述出示一个多基本要素的分折架构。这般转型广泛软件不但深刻了当我们对中要有效成分在分子结构一方面上对我们身体生理性和病检感觉的损害，但是为揭露中要的用途体制和药力有机物理论知识出示了强有效的器具。
传染性问题根治考核逻辑：几组学水平能够拜谱生物在深入分析中药材根治传染性问题的大分子考核逻辑。这类，在蛋清质组学和新陈排泄组学的综合拜谱生物，论述了与中医学各类的膝骨依然能骨性骨依然能炎密不可分相应的一定的差异表明蛋清和新陈排泄信号通路。
基础代谢组学方法在中要方论述中的应用，为中要方的现如今化和有目的医疗保障展示 了很重要的专业使用，不利于驱动中要方的条件化和国.际化提升。