在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

科研报告单

1、从光敏训练内部中添加DNA化学交联血清质

从而拆分光热塑核核苷酸-DNA分手后复合物用做LC-MS讲解，创作者建设新一种退行纯化解决方案，可从DNA中去就算热塑核核苷酸，仅在灯照时凭借间接dna组接受聚集DNA热塑核核苷酸。用TRIZOL分离出来脱色质并洗去被抓获的非热塑核球血清酶酶，并且将其继续容解以开始RNase代谢。凭借高周波裁切偶然所得核核苷酸热塑DNA的分离出来物，在硫氰酸胍中烧开退行，并在二阳极氧化硅离心法柱上强烈洗洁以去就算热塑核核苷酸终会达到。凭借核酸酶处里从DNA中降低光热塑核球血清酶酶，并开始胰核球血清酶酶酶代谢用做LC-MS讲解。该办法名称为核核苷酸热塑DNA分离出来或XDNAX。

图1.核氨基酸交连DNA取出或XDNAX流程步骤图（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可随时交往DNA的蛋白酶质图谱

将光热塑的方法采用于MCF7神经神经细胞，找到了1,805种侯选人球核蛋清质含量，表中1,191种具有于3个或更高次反复中。60%的DNA能够 反应组拥有核酸联系的GO标注，在贫乏核酸联系标注的球核蛋清质含量质中，极大的贡献奖位于核纤层球核蛋清质含量，首先其次是体验染色法质企业和神经神经细胞裂变的球核蛋清质含量质（图2）。

图2 . 可随时碰触 DNA 的核核苷酸（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3工作小结了DNA充分功用组所蕴涵的血清质-DNA菜单栏基本包涵的核苷酸热塑肽。这涉及犹豫（1）球状DNA融入结构特征域、（2）DNA 融入周期性区（IDR）和（3）犹豫与另一血清质（随后组血清融入血清）、RNA（随后剪接细胞因子）或相离心分离区室（随后核仁血清）充分功用而使得的大环境达到。

图3 . 可之间碰到 DNA的组成域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、按量上皮细胞扰动前一天与DNA联系的转录要素

孕刺荷尔蒙类感觉α（ESR1）驻滞留胞质溶胶中，终究会遇上其配体，激发易位到受损血细胞膜结构，在绿中岛别墅它与染色体组中的不同位置通过以修改密码不同的转录系统程序。将血清饥饿的MCF7受损血细胞膜体现于高用量孕刺荷尔蒙类（10 nM 17β-雌二醇）4两11分钟，与虚拟处里的剖析受损血细胞膜是比较它是的DNA充分效果组（图4A）。里面，孕刺荷尔蒙类条件刺激后DNA充分效果组中的ESR1曾加了30倍（图4B）。毫无疑问就，在1,814个定量分析的淀粉酶质-DNA充分效果中，约有9%体现出高于2倍的强势变现，并探究到与ESR1享有充分效果的淀粉酶如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌性激素解决乳腺癌癌内部 DNA 相互之间效果组的一定量特别（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

总结

科学迈入什么是基因组组的氨基酸质含量质含量质以了解一下它是如果被导出并付诸实践经验的，总是是科学人数某个长远的追逐。什么是基因组组可及性常见以DNA为中的弧度通过科学，可是，到目前到止到止，染料质抑菌凝胶中的什么样氨基酸质含量质含量质与DNA 进行电磁学互为做用尚不清。运用零长度光化学交联，可发觉DNA互为做用组中的很绝大多数氨基酸质含量质含量质，XDNAX枝术将做氨基酸质含量质含量质-DNA互为做用科学的强有力辅助工具。

拜谱个人心得体会

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的血清质组学、装饰组学、分解组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

规范文章：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.